百花洞村位于大岭山镇政府驻地以西4公里处，东南西北分别与太公岭、大片美、大环、下高田四村相邻，西部的山地边缘有马山仙境风景区，辖区总面积4.5平方公里。下辖4个村民小组，户籍口1286人，新莞人8000多人，2010年百花洞全村集体总收入1047万元，可支配收入744万元。
1989年有大围、东边村、新村、围顶、大地5条自然村。全村总户数202户，总人口948人，其中男475人，女473人，外来人口200余人。全村耕地面积1415亩，其中水田825亩，旱地400亩，果园190亩，主要的家产品水稻、马铃薯、木薯、甘蔗、荔枝、龙眼等。1999年6月撤区设村后设4个村民小组，总户数224户，总人口1097人，其中男550人，女547人，外来人口2700余人。
相传本村明代以前已住有邓陆两姓村民。明代后，黄氏由湖北江夏县（郡）迁本市主山，十世祖迁此。此后，又有始祖为河南的陆氏兄弟二人，一支从山门迁此定居，另一支在清代道光年间（1821-1851年）从乌坭坑（今大沙安头坑）迁入。因住有黄、陆（绿的谐音）两姓村民，犹如百花盛开时的两朵花，村后的马山有个龙岩洞，故名（百花洞）。抗日战争时期，著名的战役“百花洞大捷”在本村发生。
1990年村委会将土名为“围顶”的山头推平，投资20多万元兴建了本村第一幢厂房，厂房占地面积9亩，建筑面积2层共1000多平方米，并在同年的10月份出租级台湾商人卢坤明，当年他投资了100多万元在本村设了第一家工厂——东利中药材加工厂，该厂有工人120多人。
到2002年，先后推平山丘6座，填平坑田4处，共投资2000多万元，自建厂房8间，总建筑面积4万多平方米，分别有东利中药材加工厂、东宏瓷土加工厂、协诚五金厂等，并引进了康桥家具有限公司、运时通家具有限公司、乐天玩具厂等大型企业近20家在本村落户。全村新建楼房近200间，其中商住铺100间，总建筑面积5万多平方米，综合市场6000多平方米。2002年全村有224户人，常住人口1127人，外来人口近7000人；年总收600万元，年人平均收入6921元。
1994年至今后投资1000多万元铺设凤凰路、凤凰二路、教育路、马山旅游区内几条路的水泥路面并安装各式的路灯，建有休闲绿化区5000多平方米；1997年村委会投资近200多万元，新建百花洞小学，占地面积20亩，建筑面积1800平方米，2002年改为大岭山第一联办小学。
2003年村委会筹资近1000万元建设村委会行政办事中心和休闲广场，行政办事中心占地面积40多亩，楼高四层，建筑面积4000多平方米；休闲广场占地面积11000多平方米，广场中心有一音乐喷泉，行政办事中心和休闲广场于2005年2月正式投入使用。
2004年村委会筹资近2000万元为辖下四个村民小组建设了共35000平方米的厂房和宿舍，每年为村民小组带来了300多万元的收入。
2020年9月1日，阿里研究院公布2020年淘宝村，百花洞村榜上有名。
广东人民抗日游击队第三大队马山情报点遗址位于大岭山镇百花洞村马山山腰龙岩洞内，洞口位于马山七姐庙旁，入口高约0.5米，该石洞通往古庙下方的山谷，出口有多处，洞内通道时而狭窄时而宽阔，而且极其……详情>>
百花洞战斗遗址位于大岭山镇百花洞村境内，GPS坐标：北纬22°5455，东经113°4753，海拔高程42米。1941年6月10日晚，驻东莞莞太线的日军长濑大队400余人，驻厚街伪军第30师……详情>>
百花洞村附近有广东人民抗日游击队第三大队马山情报点遗址、百花洞战斗遗址、松山湖景区、大岭山森林公园、广东东江纵队纪念馆、大岭山观音寺等旅游景点，有莞香、麻涌香蕉、东莞荔枝、莞草、东莞千角灯等特产。