相传：尧舜时代，今黄龙庙所在地是一片湖泊，叫龙门湖。湖中有一条黄金鱼，一条黑金鱼。两条金鱼同时跳跃龙门，黄金鱼一跃越过龙门，却有半斤鱼鳞挂在湖边的黄楝树上。这半片鱼鳞吸取日月精华，天长日久，变成一个美男子在湖边落脚。天上一位仙女看上了他，便下凡与之成亲，繁衍后代。后来大禹治水，疏通河道，湖水流入大海，龙门湖变成陆地，形成村落。东汉时期，人们修庙，以纪念这个美丽的传说，庙名叫黄鳞庙，供奉黄鳞演变的黄鳞爷。后来黄鳞又演变成黄龙爷，庙改名黄龙庙，村名叫做黄龙庙。
黄龙庙村位处轵城镇政府驻地西南4公里的丘岭地区。南接红土沟村，北连柿花沟村，东依卫沟、桐花沟，西临庙后、泥沟河。辖区有沟东、下园、沟南、沟北、赵圪套、西南沟、庙沟、西岭、龙门河、小卫洼等10个自然村，15个居民组，427户，2038人，耕地2000亩，林地250亩。村以李姓（明洪武十年左右山西移民）为主占总人口55.8%，余姓为赵（清同治四年逃难于山东平阴）刘、王、石、卫、汤、陈、孙、任、周、宋、侯、马（2001年由大峪乱石迁入）等，均为汉族。1950年，二区建黄龙庙乡，乡公所驻黄龙庙村，1954年小乡变大乡，黄龙庙乡管辖赵庄、雁门、红土沟乡，乡公所移驻红土沟村。1958年，黄龙庙村成为独立的行政单位。
黄龙庙村教育起步较早。1943年办学，校名育英学校。1950年，更名黄龙庙小学，招收1—4年级学生。1955年改名完全小学，招收五年级学生。1969年，设立初中部，招收初中生。1976年设立民办高中，招收一届学员。1977年后，轵城高中在此办两年补习班。1994年初中、小学分设，初中部更名为轵城镇四中。2005年初中取消，成立轵城镇黄龙庙村中心小学，生员覆盖黄龙、翟庄、丁斗、雁门、泥沟河、泗涧、红土沟、卫沟、战天洞、毛田、洪沟等11个行政村。迄今为止，黄龙庙学校培养出李希贤、李继明、刘纯敏、李栓根等政界要员，培养了李兴军、石小占、王怀立、石怀仁、石恒心等文化、医学名人。
黄龙庙村村企始于20世纪50年代中期，先后有村办木业社、铁业社、药铺和运输队。1971年，各种小型企业迭起，有机砖厂、铸铁厂、粉房，生产青色机砖、水泥厂球磨机用铁球、爆米花机和粉条，集体经济逐步壮大。1980年，投资8万元建起面粉厂。1987年，投资60万建起年产值约60万元的水晶石厂。后或因市场变化、经营不善停办。迄今为止，村留存两家私营企业（饮料厂和制瓶厂），年产值约1800万元。
黄龙庙村以农业为主，土地贫瘠，靠天吃饭。1955年，修建黄龙庙水库，可灌溉土地百余亩。“农业学大寨”运动中，大队平整了大量土地，加固黄龙庙水库大坝，修建赵圪套、西南沟提灌站两处，“引沁济蟒”的六干渠、八干渠、加斗渠通水后，村里投资53万元（市水利局投资20万元，自筹33万元），建水利大坝，通灌溉支渠、毛渠5000余米，建提灌站8处，可灌溉耕地达1600余亩，粮产每亩上千斤。全村有大型农耕机械23台，其中收麦机8台，收玉米机2台，大型拖拉机13台，耕种、收割全部实现机械化。村人发展多种经营，经济林250余亩，养殖专业户23家，其中养猪20户，年存栏保持在4000头左右。养兔3户，年出栏稳定在3000只左右。2005年，人均收入激增到7500元。
2006年，黄龙庙村新农村建设起步。全村建起沼气池420个，占总农户的95%。2007年，投资170万元填深沟一条，筑拦河大坝一座，修村道1.1公里。2010年，投资40万元兴建文化广场。2011年，修建村卫生所。2015年，全村街道硬化。
黄龙庙村附近有济源大明寺、佛山寺大殿、赵衰墓、五龙口、济源黄河三峡等旅游景点，有天坛砚、寺郎腰大葱、济源冬凌草、济源盘砚、济源玉皇李等特产。